一、柱壓升高，原因：緩沖鹽使用不當導致緩沖鹽析出，堵塞塞板和鍵合相顆粒之間的孔隙，阻礙流動相傳質，引起柱壓升高；
二、相同化合物的保留時間發生變化，原因：如果沒有沖洗干凈就進行進樣，色譜柱內含有的鹽會使化合物的保留時間發生變化；
三、柱效下降，原因：
1、有些緩沖鹽會滲入到鍵合相的深處，損害硅膠基體，導致色譜柱鍵合相流失，柱床變松，柱效下降；
2、凝結在鍵合相表面，使C18碳鏈難以舒展，對物質的保留能力下降，導致柱效下降。因此用過緩沖鹽后需要對色譜柱進行沖洗，水中緩沖鹽濃度較大時應特別引起注意。
美國PE色譜柱流動相中緩沖鹽的正確使用方法：
1、使用前的處理：在使用緩沖鹽作流動相之前需要用不含緩沖鹽的流動相沖洗色譜柱，直至基線平穩。原則上，用于沖洗的流動相與分析時所用的流動相含水的比例相同(或含水更多)，不同的只是用于沖洗用的流動相中不含緩沖鹽。理由：緩沖鹽通常易溶于水，難溶于有機溶劑。用含緩沖鹽的(特別是做流動相的水為飽和的緩沖鹽溶液時)流動相進行分析時，如果分析前色譜柱中用于保存色譜柱的流動相中含水的比例相對較小，不先沖洗掉，接下來做樣品的時候所用的流動相中如果有機溶劑含量大，而其比例中所含的水又不足以溶解該緩沖鹽時，緩沖鹽將會在色譜柱柱體上析出，沉積下來，這將可能導致上述對色譜柱的損害。
2、使用后的處理：用與分析時含水比例相同的流動相(與分析用流動相的區別是，用于沖洗的流動相不含緩沖鹽)進行沖洗，直至基線平穩。如果美國PE色譜柱在接下來很長的一段時間內不使用，要長期保存，則需再加上一步，即用純的有機溶劑沖洗一遍，直至基線平穩。
